Bu kanaatı hasıl ettiği o zamanda, ulûm-u müsbete denilen bütün fenleri tetebbua başlayarak pek kısa bir zamanda Tarih, Coğrafya, Riyaziyat, Jeoloji, Fizik, Kimya, Astronomi, Felsefe gibi ilimlerin esaslarını elde etmiştir. Bu ilimleri bir hocadan ders alarak değil, yalnız kendi mütalaası sayesinde hakkıyla anlamıştır. Meselâ; Bir Coğrafya muallimini, mübahaseye girişmeden evvel, yirmidört saat içerisinde eline geçirdiği bir coğrafya kitabını hıfzetmek suretiyle, ertesi gün Van Valisi merhum Tahir Paşa'nın konağında onu ilzam eder. Ve yine aynı surette bir muaraza neticesinde beş gün zarfında Kimya-yı Gayr-ı Uzvî'yi (İnorganik Kimya) elde ederek, Kimya muallimiyle muarazaya girişir ve onu da ilzam eder. İşte pek genç yaşındaki mezkûr hârikulâdeliklere ve bahr-i umman halinde bir ilme mâlikiyetine şahid olan ehl-i ilim, Molla Said'e "Bedîüzzaman" lakabını vermiştir. Bedîüzzaman Van'da bulunduğu müddet zarfında, o zamana kadar edindiği fikir ve mütalaalar ve ilmî ve dinî tedris usûllerini görmek ile ve zamanın ihtiyac-ı zarurîlerini nazar-ı itibara almakla kendisine mahsus bir usûl-ü tedris icad eder. Bu da, hakaik-i diniyeyi asrın fehmine uygun en yeni izah ve beyan tarzlarıyla isbat etmek suretiyle talebelerini tenvir etmektir.

Molla Said Van'da bulunduğu zamanlarda, bazı hususlarda o havalinin ülemasına muhalif bulunuyordu.

{(Haşiye): Aynı vaziyet, seksen senelik hayatında da devam etmiştir.}

Bu hususlar şunlardır:

1- Kat'iyyen hiç kimseden hediye olarak para almamak ve maaş bile kabul etmemek. Evet hayatta hiçbir maddî mülkiyeti olmayıp, fakir ve kimsesiz ve daimî nefiy ve hapislerle çok sıkıntılı ve dehşetli musibetler içerisinde yaşadığı halde, kimseden para ve mukabelesiz hediye almadığı, bilmüşahede görülmüştür.

2- Hiçbir âlimden sual sormamak. Yirmi sene zarfında, daima ancak sorulanlara cevab vermişti. Bu hususta kendileri derlerdi ki: "Ben ülemanın ilmini inkâr etmem; binaenaleyh kendilerinden sual sormak fazladır. Benim ilmimden şübhe edenler varsa, sorsunlar onlara cevab vereyim."